В процессе обновления в файлах конфигурации перезаписываются внесенные изменения параметров журналов. После завершения обновления необходимо восстановить изменения, внесенные перед обновлением в файл app.config.

Вы можете восстановить изменения, выполнив слияние и не перезаписывая никакие изменения в файлах *.exe.config (например, managerservice.exe.config) на сервере инфраструктуры как услуги, резервное копирование которого было проведено на этапе предварительных действий.